污水处理是污染防治攻坚战的重头戏 ，上世纪90年代 ，我国在城市开始征收污水处理费 ，先是在重点流域试点 ，之后迅速在全国推广 。当前 ，污水处理事业进入一个新的历史时期 ，面临扩大能力、提质增效的双重压力 ，现有污水处理费征收政策还不能满足污水处理工作的新要求 ，亟待通过创新完善 ，进一步推动并保障污水处理事业继续快速发展 。
多年来 ，污水处理费实行收支两条线管理 。污水处理费收入先是上缴财政 ，再由地方政府以购买服务的方式 ，向治污企业支付服务费 ，不足部分由政府补贴 。随着环保标准提高 ，部分企业污水处理成本上升 ，污水处理费不能满足更高环保标准的要求；乡镇、农村污水处理设施建设滞后 ，污水处理收集率不高 ，也不利于农村人居环境整治 。
此外 ，目前多数城市已经全面建立起污水处理收费制度 ，但是却存在同一地区不同企业排放污水中污染物浓度不同 ，但执行同样收费政策的情况 ，不利于公平竞争 。针对发展中的问题 ，《意见》对污水处理收费政策进行修订完善 ，并提出了5项政策措施 。